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Das BVL ist die Regulierungsbehörde für Pflanzenschutzmittel und Tierarzneimittel. Bei der Entscheidungsfindung stützt sich das BVL in der Regel auf Risikobewertungen des BfR, außer bei der Zulassung von Tierarzneimitteln, wo die Fachkompetenz und die Verantwortung beim BVL liegen. Auf der Grundlage von Risikobewertungen anderer Behörden entscheidet das BVL über Anträge zum wissenschaftlichen Versuchsanbau von gentechnisch veränderten Pflanzen. Außerdem ist das BVL an der EU-Zulassung von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) in Lebens- und Futtermitteln, Futtermittelzusatzstoffen und Futtermitteln für besondere Ernährungszwecke (Diätfuttermittel) beteiligt.