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Das MRI arbeitet mit den Ressortforschungseinrichtungen im Zuständigkeitsbereich des BMEL zusammen, insbesondere in den Bereichen Nanotechnologie, Bakteriophagen und Krankheitserreger (einschließlich Zoonosen) in der Lebensmittelkette, Transfettsäuren, Mineralölbestandteile, Pflanzengifte und Mykotoxine sowie Mutterkorn und Mutterkornalkaloide in Lebensmitteln und Rohstoffen, Standardisierung von Analysemethoden und Entwicklung von Minimierungsstrategien für unerwünschte Stoffe in verschiedenen Lebensmitteln und Produkten. Ein Netzwerk von Experten für die Authentizität von Lebensmitteln und die Validierung von Analysemethoden, die für die Bekämpfung von Lebensmittelbetrug relevant sind, wird derzeit aufgebaut.