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AESAN OA cuenta con dos laboratorios de referencia en cumplimiento del Reglamento (UE) 2017/625. Estos son el Laboratorio Nacional de Referencia (Centro Nacional de Alimentos (CNA)) y un Laboratorio de Referencia para Biotoxinas Marinas (RLMB), que también actúa como Laboratorio Europeo de Referencia.