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Vierzehn nationale Referenzlaboratorien (NRL), die in den Bereichen Lebensmittel- und Futtermittelsicherheit sowie Lebensmittelhygiene tätig sind, sind dem BfR gemäß der Verordnung (EU) 2017/625 angeschlossen. Es handelt sich um NRLs für Salmonellen, Überwachung mariner Biotoxine, lebensmittelbedingte Viren, Listeria monocytogenes, koagulase-positive Staphylokokken einschließlich Staphylococcus aureus, Escherichia coli einschließlich Verotoxin-produzierender E. coli, Campylobacter, Trichinen, Antibiotikaresistenz, tierische Proteine in Futtermitteln, Zusatzstoffe zur Verwendung in der Tierernährung, Materialien, die mit Lebensmitteln in Berührung kommen, Mykotoxine und Pflanzentoxine in Futter- und Lebensmitteln sowie halogenierte persistente organische Schadstoffe (POPs) in Futter- und Lebensmitteln. Neben diesen auf EU-Recht basierenden NRLs sind dem BfR weitere Laboratorien mit Referenzfunktion angeschlossen. Dazu gehören das Referenzlabor im Netzwerk gentechnisch veränderter Organismen (GVO), die oberste Begutachtungsstelle für die Einfuhrkontrolle von Wein nach der Weinüberwachungsverordnung, die Zoonoseberichterstattung sowie die Konsiliarlaboratorien für Leptospira, Yersinia sowie Vibrios. Auch das Nationales Studienzentrum für Sequenzierungen in der Risikobewertung ist am BfR angesiedelt.