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Für die Zulassung von Pflanzenschutzmitteln stützt sich das BVL auf Risikobewertungen des BfR, des JKI und des UBA. Bei der Zulassung von Tierarzneimitteln liegen Fachkompetenz und die Verantwortung beim BVL. In beiden Bereichen ist das BVL an der Festlegung von Rückstandshöchstmengen für Wirkstoffe beteiligt. Auf der Grundlage von Risikobewertungen anderer Behörden entscheidet das BVL über Anträge zum wissenschaftlichen Versuchsanbau von gentechnisch veränderten Pflanzen. Außerdem ist das BVL an der EU-Zulassung von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) in Lebens- und Futtermitteln, Futtermittelzusatzstoffen und Futtermitteln für besondere Ernährungszwecke (Diätfuttermittel) beteiligt.