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Das JKI entwickelt Frühwarnsysteme, analysiert und bewertet die Risiken der Einschleppung, Ausbreitung und schädlichen Auswirkungen von Quarantäneschädlingen und invasiven gebietsfremden Arten. Das JKI entwickelt Maßnahmen zur Verhinderung ihrer Einschleppung und Ausbreitung sowie zu ihrer Ausrottung. Als Nationales Referenzlabor für die Diagnose von Pflanzenschädlingen ist das JKI die zentrale Stelle im Netzwerk der EU-Referenzlaboratorien und Diagnoselaboratorien in Deutschland. Das JKI ist an den Genehmigungsverfahren für die Freisetzung und das Inverkehrbringen von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) beteiligt. Das JKI untersucht, ob und wie neue biotechnologische Verfahren in der Pflanzenzüchtung eingesetzt und in eine nachhaltige Pflanzenproduktion integriert werden sollten und welche Risikopotenziale und möglicher Regelungsbedarf damit verbunden sind.