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L'Anses exerce des activités de surveillance, d’alerte, de vigilance, et de recherche et référence. Aussi, elle définit, met en place et finance des programmes de recherche scientifique et technique. L'agence se base sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche qui sont actifs dans trois domaines principaux : la santé et le bien-être des animaux, la sécurité des aliments (chimique et microbiologique) et la santé des végétaux et détient de nombreux mandats de référence (plus de 60 mandats nationaux, 13 mandats européens et plus de 20 mandats internationaux de l’OMS, de la FAO et de l’OMSA).