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Das Max Rubner-Institut (MRI) berät das BMEL auf dem Gebiet des gesundheitlichen Verbraucherschutzes im Bereich der Ernährung. Wichtige Forschungsschwerpunkte sind die Untersuchung des ernährungsphysiologischen und gesundheitlichen Wertes von Lebensmitteln, Arbeiten auf dem Gebiet der Lebensmittelsicherheit sowie der Qualitäts- und Bioverfahrenstechnik. Die Wirkung der Ernährung wird von der molekularen und zellulären Ebene bis hin zum Gesamtorganismus betrachtet. Auch die Erforschung des Ernährungsverhaltens und der Einfluss der Ernährung auf die Entwicklung von Kindern sind von besonderer Bedeutung. Das MRI befasst sich mit ernährungsphysiologisch günstigen Wirkungen von Lebensmitteln, Lebensmittelbestandteilen sowie neuartigen Lebensmitteln. Es berät das BMEL im Hinblick auf die ernährungsbedingte Prävention nicht übertragbarer Krankheiten und wirkt bei der Durchführung von Nutzenbewertungen von Lebensmitteln mit. Vier der neun Abteilungen forschen zu einer bestimmten Lebensmittelkategorie, wie Getreide, Fette und Öle, Milch, Fisch, Obst, Gemüse und Fleisch. Diese Abteilungen konzentrieren sich auf die gesamte Lebensmittelkette, von der Ernte über die Produktion bis hin zum Verbrauch.