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Im Rahmen von zonalen Bewertungsverfahren sowie von EU- und nationalen Zulassungsverfahren bewertet das JKI Pflanzenschutzmittel und deren Wirkstoffe für die Anwendung an Kulturpflanzen hinsichtlich ihrer Wirksamkeit und Phytotoxizität. Auch die Auswirkungen auf Bienen, Nicht-Ziel- und Nutzorganismen werden bewertet. Eine weitere Aufgabe, die eng mit der Bewertung von Pflanzenschutzmitteln zusammenhängt, ist die Prüfung und Listung von Pflanzenschutzgeräten im Hinblick auf ihre Eignung zur Erfüllung der Anwendungsanforderungen.