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El MAPA cuenta con cuatro laboratorios nacionales de referencia, de conformidad con el Reglamento (UE) 2017/625:
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* Laboratorio Central de Veterinaria (LCV Algete)
*Central Veterinary-Animal Health Laboratory (Algete)  
* Laboratorio de Genética Molecular
*Central Veterinary-Molecular Genetic Laboratory 
* Laboratorio Central de Sanidad Animal (Santa Fe-Granada) (LCSA)
*Central Animal Health Laboratory (Santa )
* Laboratorio Europeo de Referencia para la Peste equina y la Lengua azul (AHS&BT)
*EU Reference Laboratory for African Horse Sickness and Bluetongue.
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