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Das MRI ist zuständig für die Weiterentwicklung und Durchführung des Nationalen Ernährungsmonitorings und des Bundeslebensmittelschlüssels (BLS). Es nimmt hoheitliche Aufgaben im Rahmen des Agrarstatistikgesetzes und des Strahlenschutzgesetzes wahr. Außerdem ist die Nationale Stillkommission am MRI angesiedelt.