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Das FLI fungiert als nationales Referenzlabor für bestimmte Tierkrankheiten und ist die nationale Zulassungsbehörde für veterinärmedizinische In-vitro-Diagnostika. Auf internationaler Ebene wurde das FLI von der Weltorganisation für Tiergesundheit (OIE) zum "Kollaborationszentrum für Zoonosen in Europa" ernannt und beherbergt neun OIE-Referenzlaboratorien sowie ein WHO-Kollaborationszentrum für Tollwutüberwachung und -forschung und zwei FAO-Referenzzentren (klassische Schweinepest, Tiergrippe und Newcastle-Krankheit).