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Als Bundesforschungsinstitut und unabhängige Bundesoberbehörde im Geschäftsbereich des BMEL berät das FLI die Politik auf der Grundlage seiner wissenschaftlichen Expertise. Das Institut führt epidemiologische Untersuchungen bei Ausbrüchen von Tierseuchen durch und erstellt Risikobewertungen zu verschiedenen Infektionskrankheiten bei Nutztieren.