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Darüber hinaus ist das FLI Mitglied des EU-Referenzzentrums für Tierschutz. Als nationale Kontaktstelle unterstützt das FLI die zuständigen Behörden wissenschaftlich bei der Umsetzung der Verordnung (EG) Nr. 1099/2009 des Rates, Artikel 20, zum Schutz von Tieren zum Zeitpunkt der Tötung.