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Das BVL ist die Regulierungsbehörde für Pflanzenschutzmittel und Tierarzneimittel. Im Rahmen des Entscheidungsprozesses setzt das BVL in der Regel auf BfR-Risikobewertungen. Auf der Grundlage von Risikobewertungen durch andere Behörden entscheidet das BVL über Anträge auf den experimentellen wissenschaftlichen Anbau von gentechnisch veränderten Pflanzen. Darüber hinaus ist das BVL an der EU-Zulassung genetisch veränderter Organismen (GVO) in Lebensmitteln und Futtermitteln beteiligt.