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El alcance de las competencias del MAPA también abarca las decisiones nacionales sobre Organismos Modificados Genéticamente (OMG), a través del Consejo Interministerial OMG (CIOMG), también sobre zoonosis, así como sobre la distribución, prescripción, dispensación y uso de medicamentos veterinarios. También es la Autoridad reguladora de plaguicidas (registro, autorización y seguimiento de su uso). Sin embargo, antes de que el MAPA autorice el uso de un plaguicida, se hace una consulta previa a AESAN OA con respecto a los residuos de estos productos en los alimentos, se consulta además al Ministerio de Sanidad en relación con la evaluación de la seguridad del usuario y el MAPA evalúa la eficacia del pesticida en cuestión y su seguridad para el medio ambiente.