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Das BMEL verantwortet die nach Artikel 36 der VO (EG) 178/2002 am EFSA-Netzwerk beteiligten Forschungseinrichtungen des Bundes, die zu verschiedenen Themen beraten. Dazu gehören das Friedrich-Loeffler-Institut (FLI) im Bereich der Tierseuchen, des Tierschutzes, der Tierhaltung, der Tierernährung und der Nutztiergenetik, das Julius Kühn-Institut (JKI) in Fragen der Pflanzengesundheit und des Pflanzenschutzes und das Max Rubner-Institut (MRI) im Bereich Ernährung und Lebensmittel. Darüber hinaus berät das Johann Heinrich von Thünen-Institut (TI) in Fragen der Pflanzengesundheit, der gentechnisch veränderten Organismen, der Tierhaltung sowie der Umweltrisikobewertung.