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Das FLI fungiert als nationales Referenzlabor für bestimmte Tierkrankheiten und ist die nationale Zulassungsbehörde für veterinärmedizinische In-vitro-Diagnostika. Auf internationaler Ebene wurde das FLI von der Weltorganisation für Tiergesundheit (WOAH) zum "Kollaborationszentrum für Zoonosen in Europa" ernannt und beherbergt elf WOAH-Referenzlaboratorien sowie ein WHO-Kollaborationszentrum für Tollwutüberwachung und -forschung und FAO-Referenzzentren für klassische Schweinepest, für Influenza A bei Tieren und Newcastle-Krankheit sowie für neu auftretende zoonotische Krankheitserreger und Hochsicherheitslabore.