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Le ministère de la Santé et de la Prévention (MSP), Direction générale de la santé (DGS), est en charge des politiques de santé publique. Le MSP définit les objectifs et priorités de la politique de santé publique, établit le cadre législatif et réglementaire, développe des plans de santé publique et des programmes de santé nationaux et garantit leur application. Au plan alimentaire, le MSP est en charge de la sécurité sanitaire de l'eau de boisson.  En collaboration avec le MASA, le MSP est chargé des investigations sur les maladies humaines d'origine alimentaire.

Créée le 1er juillet 2010, l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) est un organisme d’expertise scientifique actif dans les domaines de la sécurité sanitaire des aliments, de la santé au travail et environnementale, de la santé et du bien-être des animaux et de la santé des végétaux. La principale activité de l'Anses est de mener des expertises scientifiques indépendantes et pluralistes afin d'évaluer les risques sanitaires et de fournir aux autorités compétentes les repères scientifiques nécessaires pour préserver la santé publique. Ces évaluations sont effectuées avec le soutien de 15 comités d'experts scientifiques et de groupes de travail ad hoc apparentés, s’appuyant sur un vivier de plus de 800 experts scientifiques externes.