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In Deutschland sind die Bundesländer für die Lebensmittelkontrolle zuständig. Um eine einheitliche Überwachungspraxis in allen Bundesländern sicherzustellen, stimmen sich die Bundesländer vor allem in Arbeitsgemeinschaften ab, an denen auch die Bundesebene beteiligt ist. In den meisten Bundesländern ist die Lebensmittelkontrolle in drei Ebenen unterteilt: Auf der obersten Ebene koordiniert das zuständige Ministerium die Lebensmittelkontrolle. Darunter sind die Landesbehörden oder die Landesämter für die Aufsichtskontrolle der Lebensmittelkontrollbehörden im Bezirks- oder Gemeindeamt zuständig (Kreise und kreisfreie Städte). Diese örtlichen Ämter für Lebensmittel- und Veterinärkontrolle führen die Untersuchung vor Ort durch.
Im Rahmen von zonalen Bewertungsverfahren sowie von EU- und nationalen Zulassungsverfahren bewertet das JKI Pflanzenschutzmittel und deren Wirkstoffe für die Anwendung an Kulturpflanzen hinsichtlich ihrer Wirksamkeit und Phytotoxizität. Auch die Auswirkungen auf Bienen, Nicht-Ziel- und Nutzorganismen werden bewertet. Eine weitere Aufgabe, die eng mit der Bewertung von Pflanzenschutzmitteln zusammenhängt, ist die Prüfung und Listung von Pflanzenschutzgeräten im Hinblick auf ihre Eignung zur Erfüllung der Anwendungsanforderungen.
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