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Das MRI arbeitet mit den Ressortforschungseinrichtungen im Geschäftsbereich des BMEL zusammen, insbesondere bei Ernährungs-bezogenen Studien, in den Bereichen nachhaltige Agrar- und Ernährungssysteme, Digitalisierung, Neue Pflanzenbausysteme, pflanzenbetonte Ernährung, Biodiversität, Nanotechnologie, Bakteriophagen und Krankheitserreger (einschließlich Zoonosen) in der Lebensmittelkette, Transfettsäuren, Mineralölbestandteile, Pflanzengifte und Mykotoxine, unter anderen Mutterkorn und Mutterkornalkaloide, in Lebensmitteln und Rohstoffen, Standardisierung von Analysemethoden und Entwicklung von Minimierungsstrategien für unerwünschte Stoffe in verschiedenen Lebensmitteln und Produkten. Ein weiterer Aspekt betrifft die Zusammenarbeit im Bereich der Authentizität von Lebensmitteln, z.B. bei Fisch und Meeresfrüchten, um den Lebensmittelbetrug zu bekämpfen.