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15 nationale Referenzlaboratorien (NRL), die in den Bereichen Lebensmittel- und Futtermittelsicherheit sowie Lebensmittelhygiene tätig sind, sind dem BfR gemäß der Verordnung (EU) 2017/625 angeschlossen. Es handelt sich um NRLs für Salmonellen, Überwachung mariner Biotoxine, lebensmittelbedingte Viren, Listeria monocytogenes, koagulase-positive Staphylokokken einschließlich Staphylococcus aureus, Escherichia coli einschließlich Verotoxin-produzierender E. coli, Campylobacter, Trichinella, Antibiotikaresistenz, tierische Proteine in Futtermitteln, Zusatzstoffe zur Verwendung in der Tierernährung, Materialien, die mit Lebensmitteln in Berührung kommen, Lebensmittelzusatzstoffe und Aromen, Mykotoxine und Pflanzentoxine in Futter- und Lebensmitteln sowie halogenierte persistente mit Lebensmitteln in Berührung kommen, Lebensmittelzusatzstoffe und Aromen, Mykotoxine und Pflanzentoxine in Futter- und Lebensmitteln sowie halogenierte persistente organische Schadstoffe (POPs) in Futter- und Lebensmitteln. Neben diesen auf EU-Recht basierenden NRL gibt es am BfR noch weitere Speziallaboratorien und Laboratorien mit Referenzfunktion. Dazu gehören das Referenzlaboratorium im Netzwerk Gentechnisch veränderte Organismen (GVO), die Obergutachterstelle für die Einfuhrkontrolle von Wein nach Weinüberwachungsverordnung, die Zoonosenberichterstattung, die Konsiliarlaboratorien für Leptospiren, Vibrionen und Yersinien sowie das Speziallabor für Sporenbildner.