Toate autoritățile competente la nivel național au instituții subordonate care acționează la nivel regional/județean/local. Instituțiile de la nivel județean au autonomie juridică și supervizează activitatea autorităților locale. Structurile județene ale autorităților competente realizează controalele oficiale în domeniul produselor alimentare și al hranei pentru animale, în ceea ce privește protecția plantelor și sănătatea plantelor, precum și inspecțiile în domeniul veterinar.
ANSVSA - La nivel județean sunt 42 de Direcții Sanitare veterinare și pentru Siguranța Alimentelor - acestea implementează planul naționale de control elaborat la nivel central. De asemenea, acestea supervizează activitatea Circumscripțiilor Veterinare Zonale și a Circumscripțiilor Sanitare Veterinare și pentru Siguranța Alimentelor .
MS - Institutul Național de Sănătate Publică este în subordinea Ministerului Sănătății; la nivel regional există 6 centre de sănătate publică în București, Iași, Cluj-Napoca, Timișioara, Târgu-Mureș și Sibiu. Totodată, la nivel județean există 42 Direcții de Sănătate Publică județene, responsabile cu inspecția sanitară de stat.
MADR - Autoritatea Națională Fitosanitară aflată în subordinea MADR coordonează programele de monitorizare pentru reziduurile de pesticide din alimentele de origine nonanimală și este, totodată, singura autoritate competentă centrală pentru sănătatea plantelor. Rețeaua națională a MADR include 42 Direcții pentru Agricultură și Dezvoltare Rurală județene.
ANPC - ANPC are în subordine 8 Comisariate Regionale pentru Protecția Consumatorilor care includ 41 de comisariate județene și Comisariatul pentru Protecția Consumatorilor al Municipiului București. ANPC are în structura sa un departament de audit intern.
În subordinea MMAP funcționează Agenția Națională pentru Protecția Mediului și Garda Națională de Mediu.