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Das BMEL ist die zentrale zuständige Behörde (CCA) für die EU-Gesetzgebung im Bereich Lebens- und Futtermittelsicherheit sowie-Hygiene, GVO in Lebens- und Futtermitteln. Darüber hinaus ist sie die zuständige Behörde für Pflanzengesundheit, Tierschutz und beteiligt bei der Erarbeitung von EU-Rechtsvorschriften in Bezug auf Rückstandshöchstgehalten in Lebensmitteln pflanzlichen und tierischen Ursprungs, Kontaminanten in Lebensmitteln sowie Lebensmittelbedarfsgegenstände.