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EFSA-relevante Aktivitäten an der TI konzentrieren sich auf Tiergesundheit und Tierschutz, gentechnisch veränderte Organismen, Umweltrisikobewertungen, mögliche Kontaminanten und deren Auswirkungen auf den Menschen (z. B. Mikroplastik in Fischen und Böden) sowie bestimmte Bereiche der Pflanzengesundheit. Einige dieser Aktivitäten sind eingebettet in Kooperationen mit FLI, JKI, MRI und anderen wissenschaftlichen Partnern im In- und Ausland.