HAPIH je nezavisna javna ustanova u području poljoprivrede i sigurnosti hrane i radi u okviru portfolia MPŠR-a. HAPIH je nadležan za provedbu procjene rizika i komunikaciju o rizicima povezanim sa sigurnošću hrane i hrane za životinje. HAPIH pruža znanstvenu i tehničku podršku na temelju procjena rizika o svim pitanjima koja se tiču sigurnosti hrane i hrane za životinje, biljnog zdravstva, zdravlja i dobrobiti životinja. Druge aktivnosti uključuju istraživanja u području agronomije i srodnih područja, zaštite bilja, sjemenarstva i proizvodnje sadnica, vinogradarstva, vinarstva, proizvodnje ulja, voćarstva, povrtlarstva, poljoprivrednog zemljišta, stočarstva, kontrole kvalitete svježeg sirovog mlijeka, meda i hrane za životinje.

HAPIH blisko surađuje i komunicira sa širokim spektrom nacionalnih i međunarodnih institucija. Neovisni nacionalni znanstvenici i stručnjaci podupiru rad HAPIH-a sudjelovanjem u radu stručnih tijela. HAPIH je odgovoran za uspostavu i koordinaciju nacionalne mreže institucija u području sigurnosti hrane i hrane za životinje.