HVI je neovisna javna ustanova u okviru portfolia MPŠR-a, koja se prvenstveno bavi dijagnostikom zaraznih i parazitskih bolesti životinja, analizom hrane životinjskog podrijetla i hrane za životinje, kontrolom veterinarsko-medicinskih proizvoda i znanstvenim istraživanjima. HVI se sastoji od Hrvatskog veterinarskog instituta u Zagrebu i pet podružnica koje čine laboratoriji.