U suradnji s MPŠR-om, MZ je institucija zadužena za izradu zakonodavstva u području sigurnosti hrane, koje obuhvaća hranu neživotinjskog podrijetla. MZ definira ciljeve i prioritete javnozdravstvene politike, izrađuje javnozdravstvene planove i nacionalne zdravstvene programe te osigurava njihovu provedbu. 

MZ imenuje službene i referentne laboratorije za analizu genetski modificirane hrane i hrane za životinje te materijala koji dolaze u dodir s hranom. MZ je također odgovoran za registraciju dodataka prehrani i hrane za posebne medicinske namjene.