El Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación (MAPA) es responsable de la política agraria, la sanidad animal, la seguridad alimentaria en la producción primaria, la fitosanidad, el bienestar animal, la calidad de los alimentos y el control del fraude en la industria alimentaria. El MAPA desarrolla proyectos de legislación nacional y es responsable de la coordinación de los controles oficiales, incluidos los controles de importación y exportación dentro del ámbito de su competencia.

El MAPA es el punto de contacto nacional para el fraude alimentario y para el RASFF (piensos), y es un usuario del Sistema de Asistencia Administrativa y Cooperación.

El MAPA también es responsable de las evaluaciones de riesgos de los residuos de productos fitosanitarios y de la alimentación animal, y también se encarga de regular el uso de productos fitosanitarios.

El alcance de las competencias del MAPA también abarca las decisiones nacionales sobre Organismos Modificados Genéticamente (OMG), a través del Consejo Interministerial OMG (CIOMG), también sobre zoonosis, así como sobre la distribución, prescripción, dispensación y uso de medicamentos veterinarios. También es la Autoridad reguladora de plaguicidas (registro, autorización y seguimiento de su uso). Sin embargo, antes de que el MAPA autorice el uso de un plaguicida, se hace una consulta previa a AESAN OA con respecto a los residuos de estos productos en los alimentos, se consulta además al Ministerio de Sanidad en relación con la evaluación de la seguridad del usuario y el MAPA evalúa la eficacia del pesticida en cuestión y su seguridad para el medio ambiente.

El MAPA cuenta con cuatro laboratorios nacionales de referencia, de conformidad con el Reglamento (UE) 2017/625:

• Laboratorio Central de Sanidad Animal y Veterinaria (Algete), que acoge 71 mandatos de referencia nacionales y 1 mandato de referencia de la UE para peste equina y lengua azul.
• Laboratorio Central de Genética Molecular y Veterinaria, que acoge 3 mandatos de referencia nacionales.
• Laboratorio Central de Sanidad Animal (Santa Fe), que acoge 27 mandatos de referencia nacionales.
• Laboratorio Nacional de Sanidad Vegetal (Lugo), que acoge 1 mandato de referencia nacional.