Das Max Rubner-Institut (MRI) berät das BMLEH auf dem Gebiet des gesundheitlichen Verbraucherschutzes. Die wissenschaftliche Beratung erfolgt zu den Themenkomplexen Ernährung und Lebensmittel und stützt sich sowohl auf die Grundlagenforschung als auch auf die angewandte Forschung. Die Forschung des MRI umfasst die Bereiche Qualität, Sicherheit und Authentizität von Lebensmitteln, gesunde und nachhaltige Ernährung, die ernährungsphysiologischen und gesundheitlichen Wirkungen von Lebensmitteln auf den Menschen sowie insbesondere die Ernährung von lebensphasenspezifischen Gruppen in der Bevölkerung, wie Kinder und Senioren. Von großer Bedeutung ist dabei die Gesamtbetrachtung der verzehrten Lebensmittel je nach Verarbeitungsgrad und über einen längeren Zeitraum. Dabei wird die Wirkungsweise von Lebensmittelinhaltsstoffen von der molekularen und zellulären Ebene bis hin zum Gesamtorganismus betrachtet. Zu den Lebensmittelkategorien wie Getreide, Fette und Öle, Milch und Fisch, Obst und Gemüse sowie Fleisch forschen lebensmittelgruppenbezogene Institute des MRI. Der Betrachtungszeitraum reicht von der Ernte bzw. Erzeugung bis zum Verzehr der Lebensmittel durch den Menschen. Eine besondere Bedeutung hat auch die Untersuchung des Ernährungsverhaltens. Die Ergebnisse der Forschungsarbeiten dienen insgesamt dazu, Empfehlungen für eine gesundheitsunterstützende Ernährung abzuleiten.

Das MRI ist zuständig für die Weiterentwicklung und Durchführung des Nationalen Ernährungsmonitorings und des Bundeslebensmittelschlüssels (BLS). Es nimmt hoheitliche Aufgaben im Rahmen des Agrarstatistikgesetzes und des Strahlenschutzgesetzes wahr. Außerdem ist die Nationale Stillkommission am MRI angesiedelt. Im Rahmen der Nationalen Reduktions- und Innovationsstrategie für Zucker, Fette und Salz in Fertigprodukten (NRI) hat das BMLEH das MRI mit einem Produktmonitoring beauftragt, bei dem festgestellt werden soll, ob und wie sich die Zucker-, Fett-, Salz- und Energiegehalte von Fertigprodukten im Zeitverlauf verändern.

Das MRI arbeitet mit den Ressortforschungseinrichtungen im Geschäftsbereich des BMLEH zusammen, insbesondere bei Ernährungs-bezogenen Studien, in den Bereichen nachhaltige Agrar- und Ernährungssysteme, Digitalisierung, neue Pflanzenbausysteme, pflanzenbetonte Ernährung, Biodiversität, Nanotechnologie, Bakteriophagen und Krankheitserreger (einschließlich Zoonosen) in der Lebensmittelkette, Transfettsäuren, Mineralölbestandteile, Pflanzengifte und Mykotoxine, unter anderen Mutterkorn und Mutterkornalkaloide, in Lebensmitteln und Rohstoffen, Standardisierung von Analysemethoden und Entwicklung von Minimierungsstrategien für unerwünschte Stoffe in verschiedenen Lebensmitteln und Produkten. Ein weiterer Aspekt betrifft die Zusammenarbeit im Bereich der Authentizität von Lebensmitteln, z.B. bei Fisch und Meeresfrüchten, um den Lebensmittelbetrug zu bekämpfen. Eine Zusammenarbeit findet darüber hinaus mit den Leibniz-Instituten im Ressort des BMLEH statt.