Das Johann Heinrich von Thünen-Institut (TI) betreibt Forschung, Langzeit-Monitorings und Politikberatung zu natürlichen Ressourcen, Schutzgütern sowie zu den entsprechenden Produktionssystemen und wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Fragen in der Land-, Fischerei- und Forstwirtschaft sowie im ländlichen Raum (siehe Thünen-Institut Hauptseite > THEMENFELDER).

EFSA-relevante Aktivitäten am Thünen-Institut konzentrieren sich auf Tierwohl und Tierschutz, biotechnologische Methoden und Lösungsansätze, Umweltrisikobewertungen, mögliche Kontaminanten und deren Auswirkungen auf den Menschen (z. B. Mikroplastik in Fischen und Böden) sowie bestimmte Bereiche der Pflanzengesundheit. Einige dieser Aktivitäten sind eingebettet in Kooperationen mit FLI, JKI, MRI und anderen wissenschaftlichen Partnern im In- und Ausland.